橫紋肌肉瘤如果治療效果好，現在無病生存率可達到70%，故大部分兒童可以長期存活。橫紋肌肉瘤複雜多樣，可以發生在全身各部位，預後和發病年齡、臨床分組、腫瘤原發部位、大小、病理組織類型、細胞遺傳學以及分子生物學有關，具體如下：

1、年齡：有研究發現，1-9歲兒童預後明顯好於＜1歲和＞10歲的橫紋肌肉瘤患兒；

2、術後臨床分組：通常分組越高預後越差；

3、腫瘤大小：腫瘤＞5cm預後較差，＜5cm預後相對較好；

4、腫瘤原發部位：原發部位在頭顱、腦膜旁、四肢等，則預後稍差；

5、病理組織類型：腺泡型相對胚胎型預後更差，胚胎型一般以2-6歲兒童常見，尤其眼眶、頭頸部、泌尿生殖道等部位較常見，預後較好。腺泡型常見於一些大孩子、青少年，多發生於軀幹、腹膜後、四肢，預後較差；

6、淋巴結轉移：若周圍已經浸潤或者已經發生遠處轉移，則預後較差。