大部分胚胎性橫紋肌肉瘤對放療非常敏感，已完成手術切除瘤灶者，可於術後1周內放療。伴顱底侵犯的患兒有明顯壓迫症狀、需要緊急放療者，可於化療前先放療。腫瘤較大無法做手術者，建議放療。如果原發瘤灶位於重要臟器不能手術切除者，可考慮粒子放療。

胚胎性橫紋肌肉瘤在治療方面需結合多種治療方法，如手術、放療以及化療。放療是其中非常重要的治療手段，包括外放療、粒子植入等方式。目前指南推薦胚胎性橫紋肌肉瘤Ⅰ期可不做放療，而胚胎性橫紋肌肉瘤Ⅱ-Ⅳ期則需放療。腺泡狀橫紋肌肉瘤有局部復發，故Ⅰ-Ⅳ期均需放療。