通常縱隔腫瘤需要手術治療，因為縱隔區域較狹小，腫瘤一旦生長較大可壓迫周圍組織導致相關問題。及時手術切除後，可防止周圍組織壓迫或損傷。

此外，部分心包囊腫穿刺可導致腫瘤減小，且部分囊腫性疾病尤其老年人，手術耐受情況較差，體力也較差。此時若為良性縱隔腫瘤，且未導致周圍組織壓迫，引起相關併發症，可以繼續觀察腫瘤的生長情況。因為良性腫瘤較緩慢，較小的良性縱隔腫瘤，處理意義較小。如果通過定期隨訪，腫瘤並未生長則可繼續觀察。但如果良性腫瘤生長壓迫周圍組織，則需通過手術解除壓迫。