骨髓炎分為急性血源性骨髓炎和慢性血源性骨髓炎。急性血源性骨髓炎只要治療得當、發現及時，大多數可以治癒，不會留下明顯的後遺症。慢性化膿性骨髓炎理論可以治癒，但目前臨床上尚缺乏徹底治癒的方法，治療後容易出現復發。

急性血源性骨髓炎的細菌還沒有在骨髓中定植，此時只要清除膿腫，使用抗生素殺死細菌，即可得到治癒。如果急性骨髓炎沒有得到較好的治療，細菌在骨髓中進行定植，與人體的骨組織、骨細胞密切結合，發展為慢性血源性骨髓炎，此時無論是抗生素，還是人體的自身免疫系統，都難以對細菌進行徹底的殺滅。手術只能清除大部分細菌，但不能切除整段組織，所以會殘留一定的細菌在骨髓腔，仍然有復發的可能性。