急性骨髓炎最常見的致病菌是金黃色葡萄球菌，其次是溶血性鏈球菌，比較少見白色葡萄球菌和肺炎球菌、大腸桿菌、綠膿桿菌等。因為現在抗生素應用，病人耐藥菌比較多，有一些病人剛開始做血培養就是一個耐藥菌感染，這種情況主要是抗生素濫用出現的。另外感染金葡菌後通過一段時間的錯誤治療，或者用藥不及時不徹底，細菌會變成淋球菌，或者是金葡菌會合並淋球菌。總之，在治療骨髓炎的時候，儘量要根據細菌培養用藥，因為細菌不斷變化，所以2-3周需要做一次細菌培養，不能按一種細菌一種藥來長期應用，這種情況往往不能受到良好的效果。