不同部位、不同手術方式對術後複發率影響很大。比如肢體更容易達到完整切除，肢體軟骨肉瘤復發概率非常低。位於骨盆、脊柱軟骨肉瘤，由於解剖結構限制，完整切除困難較肢體大，但近幾年在骨盆、脊柱腫瘤的治療方面也有很大進步，比如脊椎軟骨肉瘤可以做全脊椎切除，雖然手術難度非常大，手術時間也很長。以往脊柱軟骨肉瘤如果採用病灶內手術，患者幾乎100%復發，採用全脊椎甚至全骶骨的手術方式，可以達到很好的局部控制率，局部復發概率跟肢體非常接近。
軟骨肉瘤是起源於軟骨的惡性腫瘤，對放化療都不敏感，手術是唯一可以治癒軟骨肉瘤的治療方式，因此，對於軟骨肉瘤儘量在腫瘤外正常組織內完整切除腫瘤。即使發現長了骨肉瘤也不用擔心，早期發現的骨肉瘤治療效果較好，綜合治療後70%以上的兒童既能保住命，也能保住肢體，且功能較好。