迄今為止，間充質軟骨肉瘤的確切病因尚未明確。目前多認為腫瘤發生與基因突變密切相關，間充質軟骨肉瘤即在此基礎上發展而來。但對於具體的發病機理尚不清楚，因此對於間充質軟骨肉瘤無肯定有效的預防措施。對於良性軟骨瘤和良性骨軟骨瘤的患者，建議避免接受輻射，使腫瘤惡變。除此之外，患者需要平衡飲食，增強體質，積極預防腫瘤發生。