自身免疫性肝炎的臨床症狀往往比較隱匿，尤其是早期，可能會有乏力、食慾減退，甚至嚴重時可能會有噁心或者黃疸，但是黃疸的出現往往較少。在體檢時可能會發現患者肝臟腫大、脾大，可能會有蜘蛛痣或肝掌，部分再進一步抽血化驗，會發現肝功能異常，轉氨酶尤其轉肽酶、鹼性磷酸酶可能都會升高。

如果查自身抗體譜也會有所異常，這樣的情況可能會考慮有自身免疫性肝炎。症狀對這類患者並不是最主要的，因為症狀很輕微，跟其他疾病很難進行區分。