自身免疫性肝炎檢查，目前主要通過手段，首先是檢查抗體，現在做的比較多的抗體，比如抗核抗體、抗平滑肌抗體、抗線粒體抗體、抗線粒體抗體的M2亞型、抗肝腎微粒體抗體、抗可溶性肝抗原抗體，甚至是檢查ANCA抗體，然後ANCA抗體又分為P-ANCA和C-ANCA，都是抗體的血液檢測。
所以臨床上會有一個自免肝的抗體譜，是由血液進行診斷，目前診斷價值比較有限，並不是所有的自身免疫性肝炎患者都會有抗體的陽性。其次，肝穿對於自身免疫性肝炎意義更大，也就是在B超的定位下，從肝臟取一塊組織出來，在顯微鏡底下根據肝臟的炎症特徵，比如界面性的肝炎、玫瑰花結表現，淋巴細胞的聚集情況進行定義。
根據經驗對於自身免疫性肝炎，肝穿刺活檢意義更大。如果沒有肝穿刺活檢，則不能隨便使用激素，因為自身免疫性肝炎標準的治療是激素治療或者是免疫抑制劑的治療。所以臨床上如果懷疑自身免疫性肝炎，建議患者進行肝穿刺活檢。肝穿刺活檢並沒有患者所想象的可怕，現在也是非常成熟的一種手段。