鼓膜穿孔如上藥長不住，可手術治療。如耳朵不流膿兩個月以上、鼓室無肉芽、無病變，CT檢查乳突、蜂房等氣化良好，無炎症，可直接用耳內鏡做微創手術，取筋膜、耳屏軟骨做鼓膜修補，效果較好，癒合率在90%以上。

如果是反覆流膿性中耳炎，乳突腔有病變、肉芽、膽脂瘤，需做耳後切口，把乳突病變清理乾淨後再補耳膜。如果聽骨有破壞，需把損壞聽骨去掉，做人工聽骨後再補鼓膜，一般手術有效率在80%-90%。只要去掉炎症，複發率即較低。如炎症未去掉，直接補鼓膜有時感冒再次穿孔、流膿會引起失敗。較多中耳炎病人咽鼓管功能欠佳，需把咽鼓管功能恢復好，再做手術較好。