腦器質性精神障礙是指由於腦部疾病引起的精神障礙，能否完全恢復主要取決於引起患者精神障礙的原發疾病以及腦部損害的程度。代謝性腦病、自身免疫性腦炎、多發性硬化、病毒性腦炎等疾病引起的腦器質性損害部分可逆，經過對原發病的積極治療，精神障礙可能緩解，從而恢復正常。

如為腦慢性疾病導致患者出現器質性精神障礙，如腦梗死、腦出血、腦外傷等疾病引起的器質性損害，大部分不能完全恢復。患者出現的精神障礙症狀可能長期存在，需要服用抗精神病藥物控制。神經系統變性疾病如阿爾茨海默病及腦部腫瘤導致的問題一般不可逆，預後較差。