針對自身免疫性肝炎的預後，不同的人其預後和很多因素有關，一個和年齡有關，第二個和發病時候的狀態有關。年齡越大，預後可能越差。如果一發現就是肝硬化，預後也是不好的。如果病人黃疸比較深，預後也是比較差的。所以不同的人他的預後差別比較大。年輕的病人早期發現，預後相對比較好。但大部分病人通過規範的治療，病情能夠控制，壽命較不治療的時候明顯延長；少數病人可能會發生到肝硬化，甚至到肝硬化晚期、終末期；個別病人會發生肝癌，這是比較少數的。所以，大部分病人病卿控制後，預後是較好的。有報道顯示，重一些的病人經過積極的控制，他的壽命平均在12-14年之間。對於預後，不同的人要不同的來進行評估。