關於兒童精神分裂症這個疾病，確切病因並不清楚。現在精神科大部分疾病跟遺傳因素、環境因素有關係，兒童精神分裂症也是遺傳因素和環境因素相互作用的結果。如果兩系三代家族裡面有精神異常的親屬，子代出現精神異常的風險可能要比普通人群要高，但並不代表一定有遺傳，所以不用過度恐慌；另外一個因素是環境因素，環境因素包括很多方面，所謂的環境因素包括小環境也包括大環境。大環境可能會有很多空氣汙染等因素，空氣的汙染可能在母孕期會導致母孕期的其它問題，如母孕期感染問題，妊高症問題，糖尿病導致母孕期胎兒缺氧的問題，或者出生時產程過長、臍帶繞頸等原因導致的缺氧狀況，都有可能影響神經發育。
現在有一個觀點認為兒童精神分裂症是神經發育疾病，常常也會說是退行性神經退行性病變的一類疾病，所以這些環境危險因素可以避免。遺傳因素和環境因素相互作用，然後導致疾病發生和發展。如果一旦診斷是該疾病，必須積極干預，對症處理，進行心理上的支持，讓孩子保持比較好的預後。