真菌性外耳道炎理論上可根治，但在治療過程中由於使用藥物的療程長短不同，可能會造成病情反覆。

理論上真菌性外耳道炎是由於真菌感染引起的局部皮膚炎症，因此治療主要為殺滅真菌。殺滅外耳道皮膚的真菌感染主要採取抗真菌藥膏進行局部塗抹，並且需保持局部乾燥。如果能做到上述兩點，可以對真菌性外耳道炎起到根治效果。

如果不能長時間堅持用藥，或不按照規律服用藥物，則真菌性外耳道炎非常容易反覆，此為難以根治的主要原因。