賁門失弛緩症根據患者本身吞嚥梗阻和吞嚥困難症狀、內鏡或食道造影的相關表現綜合判斷如何治療。若患者症狀相對較輕，內鏡和食道造影的表現也相對較輕，可以首選胃腸道動力藥物，如多潘立酮鈣離子拮抗劑、硝苯地平片等藥物治療。

若患者吞嚥梗阻症狀較重，內鏡和食道造影的表現也很明顯、很典型，可以考慮通過內鏡治療，內鏡治療方式早期以食道球囊擴張或食道支架植入兩種方式為主，讓狹窄的食道得到有效擴張，改善吞嚥困難的情況。對於經口內鏡下食管括約肌切開術，可以有效緩解賁門失弛緩症患者的吞嚥困難或吞嚥梗阻症狀。