腦神經紊亂可以理解為精神紊亂或者精神症狀，分原發性和繼發性。原發性精神障礙即現有醫療條件找不出腦部器質性病變，要服用各種各樣精神類藥物，比如奧氮平、米氮平、酒石酸唑吡坦片、思瑞康等控制病人病情，同時配合心理療法和行為療法，比如運動療法、藍光照射等改善病人的精神症狀。

還有一類患者精神症狀是腦部有器質性病變，最常見的是腦炎，很多患者在患有腦炎之後會出現各種各樣精神症狀，甚至被誤診為精神分裂症，要進行抗病毒治療和降顱壓治療。一些病人是腦部腦血管病，比如發生顳葉、額葉腦血管病，病人可以導致腦功能出現紊亂和精神症狀，給予適當鎮靜劑，同時要治療原發病。此外還有老年病，常見的痴呆、抑鬱、焦慮、帕金森病之後可以產生明顯腦功能紊亂，在治療原發病同時要加抗精神病藥物輔助治療，對病人病情控制有一定幫助。