針灸也有禁忌症，如精神高度緊張，患者處於僵直狀態，則不適宜針灸。過飢、過飽或情緒過於激動時，不進行針灸。禁忌症有出血傾向的患者，不建議做針灸，因為針灸時或多或少都會碰傷血管引起出血。存在出血傾向的人，凝血機能有障礙，凝血時間會較長，不建議艾灸。

針灸禁忌症還包括小兒未閉合囟門、孕婦腰骶部，以及有感染的部位。糖尿病患者的創口，都是針灸的禁忌部位。對於懷孕的患者，腰骶部以及特殊的穴位，如合谷、三陰交，包括至陰、崑崙都不適宜針灸。