門靜脈高壓症不是單獨的疾病，常見的疾病膽囊結石、急性闌尾炎是單獨的疾病。很多問題都可以引起門靜脈壓力的增高，即門靜脈血液向肝臟迴流壓力增高引起一系列症狀，通常所說的鑑別是出現門靜脈高壓症的併發症時進行鑑別，這些併發症裡最常見的是門靜脈壓力增高引起的食道下端和胃底曲張靜脈破裂出血，需要和其它出血性疾病相鑑別。門靜脈高壓症可以引起脾臟增大，所以門脈高壓症和其它疾病的鑑別主要就涉及兩個方面：上消化道出血方面的鑑別以及脾臟增大方面鑑別。具體如下：

1、引起上消化道出血、大出血的常見原因是消化性潰瘍、胃癌出血、膽道出血，這些出血需要和門脈高壓症引起的消化道出血鑑別；

2、脾臟增大方面更復雜，比如血吸蟲病引起的脾臟增大或者血液病引起的脾臟增大，這也是它的一個表現，具體要根據病人有沒有肝炎病史、有沒有酗酒病史、有沒有血吸蟲病史來鑑別脾臟增大的原因。

所以門脈高壓症的鑑別主要涉及上消化道出血和脾臟增大兩個方面。