慢性鼻咽炎要根據病因和症狀對因對症治療。臨床上對於慢性鼻咽炎，目前沒有特別好的藥物能夠較好的作用到鼻咽部，即沒有特別好的藥物進行慢性鼻咽炎的根治。例如由於鼻炎、鼻竇炎而造成的鼻腔膿性分泌物增多後流到鼻咽部，反覆刺激鼻咽部而造成的鼻咽炎，要進行鼻炎、鼻竇炎的治療。由於咽喉疾病、咽喉炎症從底上逆流到鼻咽部而造成的鼻咽炎，就要進行鼻咽部的治療。由於外界的粉塵、環境汙染而造成的鼻咽部的發炎，就要進行環境汙染的根治或避免到這種環境中去生活和工作。慢性鼻咽炎經過上述的治療效果不佳，建議去醫院到醫生就診，做鼻內鏡的檢查，瞭解鼻咽部的體徵後，再進一步治療。