睡眠呼吸暫停綜合徵的併發症有高血壓、高血糖、高血脂，即通常所說的三高。中老年患者容易併發冠心病、心律失常、心肌梗死、腦中風、腦出血等全身性疾病。兒童患者未得到及時的診治，可能出現生長發育遲緩，體格發育明顯比不上同齡兒童，智力發育受到損害。

睡眠呼吸暫停這類疾病是容易受到忽視的一類睡眠中的隱形殺手，其危害往往長期而隱蔽，懷疑有此類疾病的患者建議儘早的及時檢查和治療。