睡眠呼吸暫停綜合徵的發病原因有很多種，根據分類，一般有中樞性睡眠呼吸暫停綜合徵，因中樞性疾病、心功能不全等疾病引起，臨床上大概佔10%左右。而臨床上最常見的為阻塞性睡眠呼吸暫停綜合徵，其原因為隨著年齡的增加、體重增加，氣道脂肪會堆積在上氣道，導致氣道狹窄氣流通過受阻，出現睡眠呼吸暫停。

還有先天性因素，如兒童先天性發育異常、頜面部異常、小頜畸形、下頜後縮、牙列排列不整齊均可導致咽腔狹窄，導致睡眠呼吸暫停綜合徵。且嬰幼兒扁桃體肥大、腺肢體增生等也可導致睡眠呼吸暫停綜合徵。臨床還有慢性鼻炎、慢性咽炎、鼻息肉，都可導致睡眠呼吸暫停綜合徵。還有混合性情況，即上述兩種情況共同存在，所以病因較複雜，臨床大夫需根據情況具體分析具體處理。