氣管食管瘻治療也沒有過多選擇，只能通過手術治療。現在可以通過內鏡治療，即通過胃鏡把瘻口進行縫合。這是新技術，國內甚至國際上只有少數醫院做，經驗技術還不是特別成熟，技術還不是特別普及，大多數病人還要通過手術治療。

手術治療也分為傳統開胸手術和微創胸腔鏡手術，微創胸腔鏡技術現在越來越普及，因為微創手術創傷小、安全性高、併發症少，通過把氣管和食管中間瘻管分開、切斷，然後分別縫合，進行治療，最後達到治療效果。