自發性食管破裂與胃腸疾病類似，最常混淆的是消化性潰瘍穿孔和心肌梗死，發生可疑病例應該注意與以下一些疾病鑑別：

1、潰瘍性穿孔，患者常既往有潰瘍病史，發病比較突然，以劇烈上腹部疼痛為主要表現。腹部檢查可以看到腹肌緊張、壓痛、反跳痛比較明顯，腹部X線檢查可以見到膈下游離氣體；

2、自發性氣胸，患者常有慢性阻塞性肺疾病病史，病人表現為突發劇烈胸痛和呼吸困難，典型X表現可以看到肺門部壓縮，氣體常聚集於胸腔外側或者肺尖，局部透亮度增加，肺紋理消失；

3、心絞痛，病人常既往有高血壓、糖尿病病史，年紀較大，多於勞累、進食或者激動以後誘發，胸痛是典型特徵，含服硝酸甘油以後可以明顯緩解症狀；

4、急性肺栓塞，主要表現是呼吸困難、胸痛、嘔血三聯徵，通過肺動脈CTA可以看到肺血管病變，可以明確鑑別。