食管間質瘤患者症狀往往表現為進行性吞嚥困難、胸骨後疼痛，包括有噁心、嘔吐、形體消瘦、貧血等表現。當發現以上症狀時往往會做檢查，包括進行胸部增強CT掃描、胃鏡消化道檢查、超聲胃鏡檢查、穿刺活檢，發現並確定腫塊類型。如果考慮是食管間質瘤，能夠一次性手術切除，常規不建議進行活檢穿刺。不能確定腫塊的類型時，往往要做穿刺活檢。

食管癌有很多種類型，可能是食管鱗癌，有可能是食管腺癌，也可能是食管間質瘤或食管肉瘤。區分腫瘤的時候，往往還要進一步做免疫組化，做標誌物檢測。間質瘤有兩個腫瘤標誌物比較重要，即CD117、DOG1，如果二者陽性時，可考慮間質瘤。