做胃鏡不但能看到食道，在食道入口開始一直到食道和胃交界的賁門處，都可以清楚看見。所以胃鏡檢查時，除發現和診斷胃病以外，同樣可以發現和診斷食道疾病，比如食道炎症，可以是反流性食管炎，也可以是其它因素造成的食道炎症。

胃鏡檢查更多用於診斷食道腫瘤，有良性腫瘤，如上皮性的乳頭狀瘤。惡性腫瘤最常見的是食道癌，大部分是鱗癌，還有部分是腺癌。鱗癌大部分是從上皮起源往腔內生長，所以胃鏡診斷往往都能觀察到。鱗癌尤其是基底細胞癌，不往腔內生長，一般往食管壁方向生長。還有部分腺癌同樣不是往腔內生長，往壁上甚至腔外生長，這種食道癌在胃鏡檢查時往往較難發現、難診斷，需要藉助於其它檢查手段。