食道位於胸前的胸骨後面，正常情況下胃酸在胃裡幫助消化。但是胃酸如果反流到食道，會刺激食道產生疼痛。如果酸通過賁門到食道，輕則造成細胞破壞、糜爛，重則造成潰瘍。一旦造成潰瘍，會刺激局部神經末梢，可以產生疼痛感。

部分患者有酸反流，在胃鏡下黏膜光整，但是這時也可出現疼痛。人類食道上皮正常情況下就像窗簾密不透風，但是在某種情況下，窗簾與窗簾之間的縫隙就會增大，就像兩個窗簾沒有緊密，酸就可通過此處漏出，刺激神經末梢產生疼痛。這種情況下，儘管沒有食道糜爛和潰瘍，也會出現疼痛，需要到醫院及時治療。