新生兒食道閉鎖從病理學分五種，分別叫Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅴ型，但是最常見是Ⅲ型，Ⅲ型裡面最常見是Ⅲb型。這種孩子是因為近端食管是盲端，遠端食管有瘻管和氣管相通，所以這種疾病的發生在臨床上佔到食道閉鎖的90%以上，因此在處理食道閉鎖的時候，往往會先把食管和氣管中間的瘻管結紮切除後，再行食管近端和遠端吻合。隨著現代微創技術發展，有些兒外科的醫療中心已經開始進行腹腔鏡下食道閉鎖手術治療，整體來講，手術食道閉鎖的手術治療效果現在很好，治癒率可以達到98%以上。