食管囊腫有一定風險，囊腫不斷增大會壓迫周圍，如壓迫氣管會造成呼吸困難。部分患者可伴隨喘鳴。若囊腫內分泌的液體不斷增多會造成出血，極個別還會出現感染。一旦感染破潰，就會形成嚴重併發症，因此需及時治療。其治療方法可通過胸腔鏡微創來進行手術切除，在手術過程中，將黏膜層剝除乾淨，儘量做到無殘留，以免殘留存在形成新囊腫。