食管癌的鑑別主要分為病理鑑別與臨床症狀鑑別：

1、病理鑑別：良性腫瘤胃鏡下表現為黏膜的局部隆起，食管癌與良性腫瘤相比鏡下的變化更明顯；

2、臨床症狀鑑別：良性腫瘤的食管哽咽與食管癌相比，症狀不明顯，病情發展較慢，病程較長。

目前食管癌主要與有吞嚥困難的疾病相鑑別，比如食管息肉、食管間質瘤、原發性食管淋巴瘤等。