可以通過對比前後左右的腦組織的MRI信號異同判斷頭顱是否異常。如果一側腦組織的MRI信號與其他正常部分的信號不同，則可以確定這一側頭顱異常。頭顱異常較常見的是腦血管疾病如腦梗死、腦出血，其次是感染如炎性肉芽腫、病毒性腦炎、結核、細菌性膿腫和腦腫瘤。顱內轉移瘤在MRI上表現為多個類圓形腫塊，增強以後明顯強化，出現水腫。