牙根發黑的原因及相應處理如下：

1、最常見的原因是齲壞，也就是在牙根頸部或者根部，因為細菌感染造成齲壞，引起顏色變化，通常是由於局部食物殘渣堆積，菌斑刺激造成細菌感染，形成齲壞，引起顏色的變化。如果確定是齲壞，建議到口腔醫院牙體牙髓科進行齲壞充填治療；

2、牙齒長期處於黑色素環境的情況下，會進行外源性著色，比如喜歡喝濃茶、咖啡，吸菸或者長期的喝中藥，均有可能造成牙齒外源性的顏色變化。這種情況需要去醫院進行檢查，如果只是簡單的外源性色素變化，可以進行全口潔治，去除牙石以及色素。日常生活中食物中的色素，都有可能造成牙齒染色，平時大家要注意刷牙，防止色素沉積，建議每年定期進行口腔檢查1-2次，並進行全口潔治1-2次，有效預防牙齒色素沉積，保護牙齒。