膕窩囊腫是發生在膝關節後方的囊腫，常伴有膝關節損傷。囊腫一旦發生，一般會逐漸增大，造成膕窩張力增加，壓迫局部器官組織，因此需要積極手術治療。手術包括傳統手術囊腫切除術和關節鏡治療，因為常伴有膝關節損傷，比如半月板損傷，因此需要在行囊腫切除術的同時進行膝關節半月板損傷修復，否則容易復發。

比較小的囊腫可以進行微創治療，通過注射器抽取囊腫內液體，然後再注入硬化劑以硬化囊壁，可以有一定效果。