牙髓炎晚上疼是因為晚上平臥時頭部體位變低，進入牙髓腔內的血流量增加，炎症區髓腔內血液循環較差，從而導致髓腔內局部壓力進一步增加，壓迫髓腔內神經而導致疼痛。當體位改變如站立或坐立時，疼痛可能有所減輕。

牙髓由豐富的血管和神經組成，四周有堅硬的牙本質包繞，猶如一個堅硬的堡壘，具有不可讓性。主要通過狹窄的根尖孔與牙周組織相通，一旦發生炎症，其解剖結構使髓腔內炎症滲出物無法徹底引流，髓腔內壓力增高，容易導致感染擴散、壓迫神經，產生劇烈疼痛。