唇顎裂是與遺傳相關的先天性畸形。隔代遺傳指唇顎裂患者的子女沒有發生唇顎裂，但是孫輩患有唇顎裂，從遺傳學角度分析存在此種可能。唇顎裂受遺傳以及環境因素相互作用，其發生率並非100%，遺傳因素和環境因素相互作用以後產生的結果也不確定，因此有家族史的唇顎裂家族發生唇顎裂只是概率發生，而並非必然發生。

完全沒有唇顎裂病史的正常家族，新發唇顎裂患者的比例大概是1/600-1/700，若家族中存在唇顎裂患者，直系親屬出現唇顎裂的可能性要上升20-30倍。此外，唇顎裂的發生具有概率問題，即使唇顎裂患者的子女不是唇顎裂患者，但是再下一代再次出現唇顎裂的可能性依舊存在，唇顎裂可以隔代遺傳。