碘甘油一般不用於治療口腔潰瘍，效果並不理想。碘甘油是活性碘，有一定抗菌作用，但濃度較高，一般在牙周袋內上藥，即牙周袋內有炎症的情況下，可以選用碘甘油。碘甘油有抗炎、抗菌作用，主要針對牙周袋內的細菌，而口腔潰瘍主要不是由細菌感染引起，相比於抑菌藥，更重要的是選用促進潰瘍癒合、保護創面的藥物，而碘甘油並無此類作用。由於碘濃度高，有時患者在潰瘍上塗抹碘甘油後，疼痛感會加劇，並且碘甘油的適應症不包括治療口腔潰瘍，所以不建議選用。

對於口腔潰瘍一般選用局部有貼附作用的藥物，比如吸附在黏膜上保護創面。而碘甘油較難保持在黏膜上，因此作用較小。治療口腔潰瘍可選用較常用的康復新液、西瓜霜、外用潰瘍散、重組人表皮生長因子凝膠、曲安奈德口腔膏，均可有效促進潰瘍癒合。