通常建議取晨尿培養，其意義在於尿液在膀胱中瀦留一夜，即超過六小時，為致病菌提供繁殖機會，可提高尿液培養的陽性率。

由於尿培養病原菌是一種培養技術，實驗室通常接種一定量的尿液進行基礎培養。培養第二天以後，檢驗人員根據培養平板上生長的菌落及它的數量來判斷其是否是引起尿路感染的病原菌。比如檢驗人員設定一個閾值，當菌落數量超過此閾值，認為其有意義，是引起尿路感染的病原菌；如果低於此閾值，認為其是尿道前端的定植菌，不是致病菌。如果病人取的是隨機尿液，標本當中存在的致病菌數量不夠，會導致假陰性的情況。