病理科主要任務是在活檢或者手術切除後，判斷疾病的性質，即疾病為炎症還是腫瘤，或者為良性腫瘤還是惡性腫瘤。

如果是惡性腫瘤，還應判斷為原發腫瘤還是轉移腫瘤。另外，也應瞭解其惡性程度，即早期還是晚期。同時包括手術切緣有無癌殘留，以及淋巴結是否轉移等，上述均由病理科醫生完成。

隨醫療水平的發展進步，病理科醫生的工作已經不僅為以上內容，除做疾病的性質診斷以外，還要採用免疫組化檢測、原位雜交以及基因檢測等手段評估疾病的預後，並且指導某些腫瘤在治療上靶向藥物的選擇。