熒光原位雜交技術指FISH檢測，主要用活檢或手術切除的腫瘤組織進行更深層次的基因水平檢測。
目前FISH檢測應用的範圍較廣，如疾病診斷、預後評估，靶向藥物治療應用的選擇等，而應用最多的是乳腺癌Her-2基因檢測。如果Her-2的FISH檢測呈陽性，可以採用曲妥珠單抗藥物治療；另外，肺癌ALK、ROS-1等基因也是通過FISH檢測來判定基因改變；在評估預後上，可進行淋巴瘤雙打擊和三打擊評估；在診斷上，軟骨肉瘤已經可以採用FISH檢測基因的改變進行定性做診斷。
隨著醫療水平的進步，FISH即熒光原位雜交技術會越來越多地應用於疾病的診斷、預防以及治療。