冰凍檢查有一定適應症，並非所有情況都適合做術中快速病理診斷。如骨組織病變無法進行冰凍切片。因為冰凍切片的組織是新鮮組織，經過冷凍後在冷凍切片機上進行切片。一般情況下，手術醫生需要明確病變性質，如是否為腫瘤及腫瘤良惡性；需瞭解腫瘤浸潤範圍，明確是否周圍組織有癌細胞累及，如胃癌；明確手術切緣情況，如腸癌；明確切除的組織結構，如甲狀腺乳頭狀癌行甲狀腺切除術，需冰凍檢查，明確是否將甲狀旁腺組織一併切除，若甲狀旁腺被切除需術後行甲狀旁腺激素補充治療。