消化內鏡分為胃鏡、腸鏡和十二指腸鏡、小腸鏡等，常用檢查是胃鏡和腸鏡。胃鏡是讓患者採取左側臥位，經口進鏡，觀察食管、胃和十二指腸的一部分。腸鏡是讓患者採取左側臥位，經肛門進鏡，依次通過直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸達到回盲部；腸鏡到達回盲部後，在退鏡的過程中逐一觀察回盲部、升結腸、橫結腸，然後觀察降結腸、乙狀結腸和直腸，到直腸部位時可翻轉內鏡，倒著觀察肛門，即可觀察整個結腸。

根據疾病的情況，可能進行小腸鏡檢查，小腸鏡檢查分為兩部分，一部分如同胃鏡檢查經口進鏡，另一部分如同結腸鏡檢查經肛門進鏡，分別觀察小腸兩端，最後在小腸對接，觀察整個小腸。