沙眼現在臨床上很少見，但是臨床上可見到患過沙眼的中老年人出現的併發症。最常見的併發症為上瞼的瘢痕，可導致眼瞼內翻，即倒睫。此外還有淚道阻塞，以及下瞼的瞼部畸形；整個結膜的乾燥化、形成乾眼。甚至少部分較嚴重的病人，還可形成角膜白斑，還有角膜上緣的血管翳。對於沙眼病情控制不當引起的併發症，臨床治療較為棘手。