阿托品可以用於治療青光眼，但是需要在青光眼手術以後使用。阿托品的使用有較嚴格的規定，需注意毒副作用，同時必須在醫生指導下使用。青光眼手術後通常使用輕度的散瞳藥，而阿托品的散瞳作用較持續，容易引起瞳孔的粘連，因此阿托品即使在青光眼手術後，使用也較有限。

阿托品主要用於鬆弛睫狀肌，導致睫狀體的懸韌帶變短、晶體變扁平，增加後房的空間，使前房空間變深。在手術前如果使用散瞳藥，虹膜就會堆積到周邊部，瞳孔出現散大，導致患者的虹膜跟角膜之間的夾角變小、前房角變小，房水的引流通道變窄，房水不易引流到眼球外，反而會誘發青光眼的發作，加重眼壓的升高。但是青光眼手術以後不再依賴於前房角將房水排出，房水從後房產生以後，通過12點的虹膜根切口，引入到在眼球表面的鞏膜隧道，進入到結膜瓣下，即使前房角變小，患者也無需膽小。