真菌性角膜炎首選抗真菌眼藥水，包括納他黴素，即那特真眼藥水，以及氟康唑、酮康唑眼藥水。其次為抗細菌的眼藥水，如妥布黴素眼藥水以及夫西地酸眼藥水。真菌性角膜炎首選的抗生素是抗真菌眼藥水，與病原體一致，針對病因進行治療。真菌性角膜炎起病和進展緩慢，特點是有植物外傷史，經常見於農忙、農作物收割時，即常見於農民這類人群。

角膜由於有擦傷，因此可以感染真菌，常見的真菌有鐮刀菌以及念珠菌。在真菌性角膜炎的表現中，有症狀和體徵分離的現象，稱為症徵分離，即患者的症狀、主觀感覺並不明顯，角膜上有潰瘍灶，會有紅、疼痛、流淚，但患者完全可以忍受，並沒有明顯不適。而臨床上進行檢查時，角膜潰瘍灶已經非常嚴重，甚至可能會引起眼內炎、前房積膿。