角膜炎是否復發，取決於病毒是否得到徹底控制。患者發作病毒性角膜炎使用抗病毒藥時，可以控制病情，部分病毒會潛藏在神經裡，使用抗病毒藥時病情會逐步恢復甚至消失，患者誤認為疾病已經完全得到控制。當抵抗力下降時，潛藏在某處的病毒可能再次出現，引起角膜炎反覆發作。

角膜炎患者口服抗病毒藥同時配合眼睛局部點藥，通過這兩種方法控制病毒、減少復發。大部分角膜炎能夠被現有抗病毒藥控制，患者不需要過於擔心，配合醫生遵照醫囑積極用藥治療，角膜炎可以得到控制。