角膜炎若不及時治療，可引起較多併發症和後遺症，如併發虹膜睫狀炎、繼發青光眼、角膜穿孔、眼內炎、虹膜前粘連、視網膜炎、眼球萎縮等，後遺症有角膜雲翳、角膜斑翳、角膜白斑、粘連性角膜白斑、眼球萎縮，甚至失明等。因此，角膜炎在疾病的初期應及時控制，促進炎症滲出物的吸收，加速角膜組織修復和愈。減少併發症出現，儘量恢復視力。

角膜炎與結膜炎相比，治療相對困難。一旦出現，要及時採取中西醫結合的方法進行治療，根據不同的角膜炎採取不同的方法治療。如細菌性角膜炎應使用抗生素治療，病毒性角膜炎應進行抗病毒治療，真菌性角膜炎應進行抗真菌治療，免疫性角膜炎應使用免疫抑制劑等。此外，要預防併發症，加速角膜組織修復。如果形成斑翳或白斑，還需進行角膜移植等手術治療。治療的目的是加速角膜癒合，減少併發症和後遺症，恢復有用視力。