真菌角膜炎的診斷必須藉助於實驗室的檢查方法，最簡單的方法是可以通過角膜刮片，之後用10%的氫氧化鉀在普通光鏡下能看到菌絲，就能夠確診真菌角膜潰瘍，這是一種有創的檢查方法。

此外，還有無創的檢查方法，即角膜共焦顯微鏡，這種共焦顯微鏡類似於活體病理檢查設備，在滴上表麻藥以後，可以通過活體的角膜共聚焦顯微鏡查到角膜裡面的菌絲。如果看到有菌絲分佈，即可確診為真菌角膜潰瘍。