真菌性角膜炎治療方法屬於綜合治療過程，需要及早發現真菌性角膜炎，在真菌性角膜炎較輕時及時能夠控制，治療通常需要數週到數月時間。如果真菌性角膜炎加重，造成角膜基質出現瘢痕及眼內擴散造成失明，治療週期可加長甚至到數年。

部分患者真菌性角膜炎以後造成角膜瘢痕需要進行手術清除，此外真菌性角膜炎較容易往眼內擴散，如果治療不及時會在眼內造成炎症，對眼部損傷加重。如及早發現真菌性角膜炎，可在數週或數月內控制病情。一旦錯過時機，療程可相應延長。