真菌性角膜炎主要以早發現、早治療為治療原則，治療方法如下：

1、藥物治療：藥物治療以滴眼液的局部滴眼為主，而滴眼液包括丙烯類滴眼液與咪唑類滴眼液。目前效果較佳的多烯類滴眼液為納他黴素滴眼液，因為納他黴素對角膜的滲透性較佳，所以納他黴素為目前抗真菌效果最佳的藥物之一，但是使用納他黴素之前需要對角膜的病灶進行清創，即醫生於顯微鏡下對角膜病灶進行清創，方可開始使用納他黴素滴眼液。咪唑類滴眼液亦可以用於局部滴眼，而且咪唑類藥物具有可作用於全身的口服劑型，以及供靜脈注射的劑型，但是其使用週期相對較長且效果略差；

2、手術治療：對於較小的淺表感染灶，患者可以進行局部的淺表性清創。如果病變發展至角膜後彈力層，需要進行板層的角膜移植。病情嚴重的真菌性角膜炎患者可併發真菌性眼內炎，進而導致眼球不保，最終需要進行眼球摘除。