建議真菌性角膜潰瘍的治療，應根據病情輕重程度採取個體化治療手段。對於輕症真菌性角膜炎患者，病變位置較表淺，建議使用抗真菌藥物進行治療，常用藥物如氟康唑、伏立康唑、納他黴素、兩性黴素B。

若角膜病變位置較深，建議通過手術方式進行干預。簡單手術如角膜病灶切除術、結膜瓣遮蓋術等。如果角膜病變累及深度較深，甚至患眼出現全層感染或角膜潰瘍穿孔，建議及時行角膜移植手術治療。