臨床建議真菌性角膜炎應根據病情輕重程度、累及角膜病變的深度合理選擇治療方案。如果患者角膜病灶深度較表淺，建議通過抗真菌藥物進行治療。

如果角膜病變累及深度較深，已遠超1/3角膜厚度，建議患者在藥物治療的同時選擇必要的手術方式進行治療，如角膜病灶切除術、結膜瓣遮蓋術。若患者角膜病變深度已經累及達1/2以上，甚至累及全層，建議進行角膜移植手術治療。